Secara Historis Desa Cempedak Merupakan Desa yang diresmikan pada tahun 1089. Berdasarkan Peraturan Daerah No.  Pem/Sanggau/1989. Dahulunya Nama Cempedak dikenal SINGA PATIH yang berasal dari bahasa Dayak Tobak yang berarti  yang disegani. Singa Patih adalah nama jabatan untuk pemimpin yang mampu dan kuat ketika memimpin suatu wilayah. Seiring berkembangnya jaman dan peralihan penamaan pemimpin Singa Patih disebut juga Mak Tebodak (Tembawang Cempedak) yaitu tempat keramat pada saat itu.

Asal mula terbentuknya Desa Cempedak pada Tahun 1989 yang pada saat itu terdiri dari Lima kampong yang dipimpin oleh kepala kampung, dimana masing-masing kampung dikepalai oleh satu kepala kampung yang terdiri dari :

1. Kampung Cempedak dikepalai oleh Bapak Asin (alm)
2. Tenggayong dikepalai oleh Bapak Laon (alm)
3. Kampung Lancak dikepalai oleh Bapak Suato (alm)
4. Kampung Danau Teluk dikepalai oleh Bapak Darasep (alm)
5. Kampung Rapun dikepalai oleh Umbo (alm)

Dari lima kepala kampung tersebut di atas membentuk suatu Desa dengan persatuan kepala kampung dengan nama Cempedak. Sejarah kata Cempedak diambil dari kata  “MAK TBEBODAK” yang diambil dari nama tumbuhan berasal dari Dayak Tobah yang artinya Tembawang Cempedak.

Eks kepala desa Cempedak adalah sebagai berikut : 

1. Agen (alm) sebagai kepala desa pertama periode 1989 -1991
2. Syionglin (alm)  PJ kepala desa periode 1992-1994
3. Amer (alm) kepala desa ketiga periode 1994-2006
4. Barnabas Bujang kepala desa keempat periode 2006-2018 (dua periode)
5. Gregorius Kilung, S.Pd  kepala desa kelima periode 2019-sekarang. Gregorius Kilung, S.Pd adalah kepala desa Cempedak yang mempelopori desa terbuka dan transparan secara online dan digital. Masyarakat desa cempedak bisa membaca sejarah desa Cempedak secara online begini karena adanya website desa dengan alamat www.desacempedak.id.